土木与环境工程系前身为1953年创立的哈尔滨军事工程学院导弹工程系。1987年航天工程系军民专业互转（一个专业同时挂军民专业两块牌子），导弹结构设计专业同时办成工业与民用建筑专业。1995年在航天工程系工业与民用建筑专业（导弹结构设计专业）及供热通风及空调专业（固体火箭发动机专业）的基础上成立了建筑工程系，1997年增设给水排水工程专业。目前土木与环境工程系设有土木工程、建筑给水排水工程专业及土木工程综合实验室、给排水科学与工程综合实验室、船舶水污染控制技术联合实验室（东方船舶有限公司）和黑龙江省灾害预警与工程防御重点实验室。土木工程专业现为黑龙江省重点专业，经“211工程”建设土木与环境工程系在教学与科研能力方面得到长足的进步。
长期以来，土木与环境工程系紧密围绕服务土木、海洋、核能事业，立足地方经济发展，共承担国家自然科学基金等各类科研项目70余项。同时服务于国家土木工程技术出口战略的需要，积极承担第三世界国家土木工程专业技术人才的培养，吸引了来自“一带一路”二十多个国家的留学生与进修学者。本专业坚持校企联合育人，先后与中国建筑第三工程局、北京市建筑工程研究院等多家企事业单位签订了联合培养协议。目前，向国家输送优秀人才2000余名，毕业生主要服务于土木、海洋、核能等部门的设计院、科研院所、工程及管理等单位，得到了用人单位的广泛好评，近几年一次就业率始终保持在96%。
